土壤科学数据中心与中国生态系统研究网络（CERN）土壤分中心协同运行，是我国土壤学科领域集样本管理、数据整合与智能应用于一体的国家级科研平台。中心系统开展土壤样本与数据的汇交、标准化整编及深度开发，构建覆盖全国的土壤资源数据库与共享服务体系，已形成涵盖130万件土壤演变样本的库藏规模，并自主研发样本库管理信息系统。

土壤科学数据中心已建成完整的土壤学科数据体系，包括土壤资源、土壤肥力、土壤环境、土壤生物等基础库，以及典型地域、重大需求、重大项目、现势土壤图、虚拟标本馆等专题库。数据资源覆盖了全国不同尺度的土壤空间分布图、典型土种剖面数据库、农田及自然生态系统土壤肥力数据、土壤光谱数据、土壤标本样品数据等多种特色资源。此外，还集成了科技部全国土系调查数据、“973”项目土壤质量数据、院“碳专项”全国农田碳库数据、院“生物专项”土壤微生物数据等科研数据。通过联合院内优势单位，共建了东北黑土区、西南紫色土区、中南红壤区、西北干旱区等典型区域的土壤数据库。目前，核心数据资源数据量已达TB级，数据记录超过400万条。2024年中心门户访问30万人次、数据下载7TB，成为国内土壤数据体系最完善、开放共享程度最高的专业机构。

作为第三次全国土壤普查的核心支撑单位，中心全面负责300万件土壤样本管理。目前已牵头制定《土壤样品保存指南》《样本库建设规范》等国家标准与行业标准，完成130万件历史样本的规范化入库，计划2025年底接收全部310万件普查样本，2026年建成全球规模最大的300万级超大型土壤样本库，实现土壤资源从实体保存到数字管理的跨越式发展。

面向国家战略需求，将以建设国家级“土壤资源大数据中心”和“信息服务平台”为目标，加速推进人工智能技术与土壤科学的深度融合，基于第三次全国土壤普查数据与DeepSeek等大模型技术，着力构建土壤资源智能分析平台。重点支撑国家粮食安全战略实施、农业可持续发展路径优化和土壤科技创新体系建设，为国家高标准农田建设、碳中和生态治理等重大工程提供全链条数据服务。